forked from DSIT/documentation-dsit
Actualiser docs/Services/pole-scientifique/Onyxia/docs/index.md
This commit is contained in:
parent
e93ef01554
commit
4cc77c96b6
|
@ -66,8 +66,8 @@ Face à ce constat, le Datalab Onyxia GENES a été construit pour proposer une
|
|||
- partage de méthodes, via une mutualisation des services de data science proposés, auxquels chacun peut contribuer ;
|
||||
- partage de connaissances, via des formations associées au Datalab ainsi que la constitution de commaunautés d'entraide centrées sur son utilisation.
|
||||
|
||||
::: {.callout-note}
|
||||
Onyxia, Datalab SSP Cloud : quelles différences ?
|
||||
!!! note
|
||||
Onyxia, Datalab SSP Cloud : quelles différences ?
|
||||
|
||||
[Onyxia ](https://github.com/InseeFrLab/onyxia.git)est un projet open-source qui propose une plateforme de services de _data science_, accessible via une application Web. Le [Datalab Onyxia Genes](https://onyxia.lab.groupe-genes.fr/) est une instance du projet Onyxia, hébergée au GENES.
|
||||
:::
|
||||
|
@ -118,9 +118,9 @@ Il s’agit d’une présentation sommaire, chaque page web d’onyxia, vous tro
|
|||
|
||||
|
||||
|
||||
::: {.callout-warning}
|
||||
Les conditions d'utilisation du Datalab sont consultables à <a href="https://code.groupe-genes.fr/DSIT/documentation-dsit/src/branch/main/docs/Services/pole-scientifique/Onyxia/docs/terms.md" target="_blank">ici</a>. Nous rappelons que le Datalab est destiné exclusivement au traitement de **données publiques et non-sensibles**. Des projets d'expérimentation mobilisant des données non ouvertes peuvent être menés en concertation avec l'équipe du Datalab, sous réserve de se conformer aux règles de sécurité spécifiques au projet.
|
||||
:::
|
||||
!!! warning
|
||||
Les conditions d'utilisation du Datalab sont consultables à <a href="https://code.groupe-genes.fr/DSIT/documentation-dsit/src/branch/main/docs/Services/pole-scientifique/Onyxia/docs/terms.md" target="_blank">ici</a>. Nous rappelons que le Datalab est destiné exclusivement au traitement de **données publiques et non-sensibles**. Des projets d'expérimentation mobilisant des données non ouvertes peuvent être menés en concertation avec l'équipe du Datalab, sous réserve de se conformer aux règles de sécurité spécifiques au projet.
|
||||
|
||||
|
||||
# Le catalogue de services
|
||||
Le <a href="https://onyxia.lab.groupe-genes.fr/catalog/ide" target="_blank">catalogue de services</a> est au centre de l'utilisation du Datalab. Il propose un ensemble de services destinés aux traitements statistiques de données ainsi qu'à la gestion complète des projets de data science.
|
||||
|
@ -154,13 +154,13 @@ Une fois le service lancé, un bouton `Ouvrir` apparaît qui permet l'accès au
|
|||
Supprimer une instance d'un service s'effectue simplement en cliquant sur l'icône en forme de poubelle en dessous de l'instance.
|
||||
|
||||
|
||||
::: {.callout-caution}
|
||||
Pour certains services, la suppression d'une instance entraîne la suppression de toutes les données associées, et cette action est irrémédiable. Il est donc nécessaire de toujours bien lire le `README` associé à l'instance, qui précise les conséquences d'une suppression de l'instance. De manière générale, il est très important de s'assurer que les données ainsi que le code utilisés sont sauvegardés avant de supprimer l'instance. L'idéal est de <a href="https://docs.sspcloud.fr/onyxia-guide/controle-de-version" target="_blank">versionner son code</a> avec Git et de procéder à des sauvegardes régulières des données à l'aide du <a href="https://docs.sspcloud.fr/onyxia-guide/stockage-de-donnees" target="_blank">système de stockage S3</a>.
|
||||
:::
|
||||
!!! caution
|
||||
Pour certains services, la suppression d'une instance entraîne la suppression de toutes les données associées, et cette action est irrémédiable. Il est donc nécessaire de toujours bien lire le `README` associé à l'instance, qui précise les conséquences d'une suppression de l'instance. De manière générale, il est très important de s'assurer que les données ainsi que le code utilisés sont sauvegardés avant de supprimer l'instance. L'idéal est de <a href="https://docs.sspcloud.fr/onyxia-guide/controle-de-version" target="_blank">versionner son code</a> avec Git et de procéder à des sauvegardes régulières des données à l'aide du <a href="https://docs.sspcloud.fr/onyxia-guide/stockage-de-donnees" target="_blank">système de stockage S3</a>.
|
||||
|
||||
|
||||
!!! caution
|
||||
Les ressources mises à disposition pour l'execution des services sont partagées entre les différents utilisateurs du Datalab. Veuillez à ne pas laisser en cours des services dont vous ne faites plus l'usage. Nous procédons parfois à une suppression systématique des instances inactives depuis un certain temps, afin de libérer des ressources.
|
||||
|
||||
::: {.callout-caution}
|
||||
Les ressources mises à disposition pour l'execution des services sont partagées entre les différents utilisateurs du Datalab. Veuillez à ne pas laisser en cours des services dont vous ne faites plus l'usage. Nous procédons parfois à une suppression systématique des instances inactives depuis un certain temps, afin de libérer des ressources.
|
||||
:::
|
||||
|
||||
|
||||
# Partager un service
|
||||
|
@ -297,14 +297,14 @@ Pour cela je créé un script onyxia-init.sh, dont le contenu est le suivant :
|
|||
Echo “Hello World” > work/hello-onyxia.txt
|
||||
```
|
||||
|
||||
::: {.callout-warning}
|
||||
Le script est exécuté en tant que superutilisateur (*Root*) et les fichiers qu'il crée sont ainsi la propriété du superutilisateur.
|
||||
Ceci génère des erreurs ensuite quand ces fichiers sont appelés, par exemple des fichiers de configuration de RStudio.
|
||||
Pour rendre à l'utilisateur normal (qui s'appelle *onyxia*) les droit sur son dossier personnel :
|
||||
```bash
|
||||
chown -R ${USERNAME}:${GROUPNAME} ${HOME}
|
||||
```
|
||||
:::
|
||||
!!! warning
|
||||
Le script est exécuté en tant que superutilisateur (*Root*) et les fichiers qu'il crée sont ainsi la propriété du superutilisateur.
|
||||
Ceci génère des erreurs ensuite quand ces fichiers sont appelés, par exemple des fichiers de configuration de RStudio.
|
||||
Pour rendre à l'utilisateur normal (qui s'appelle *onyxia*) les droit sur son dossier personnel :
|
||||
```bash
|
||||
chown -R ${USERNAME}:${GROUPNAME} ${HOME}
|
||||
```
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
Ce script peut être hébergé n’importe où, du moment qu’il possède une URL publique (example: <https://raw.githubusercontent.com/test/monscript.sh/>) que j’ajoute ensuite dans le Init parameters “PersonalInit” de l’onglet Init:
|
||||
|
@ -319,14 +319,14 @@ Ce lien du script doit être accessible sur internet, par exemple sur <https://c
|
|||
|
||||
<a href="https://git.drees.fr/drees_code_public/ressources/tutos/-/blob/diffusion/contenu/init.sh">Exemple de script d'initialisation</a>qui clone un projet à partir d'une instance Gitlab privée, configure les options globales de RStudio, ouvre automatiquement le projet RStudio cloné, installe et sélectionne la correction orthographique française, personnalise les bribes de codes (snippets).
|
||||
|
||||
::: {.callout-warning}
|
||||
Le script est exécuté en tant que superutilisateur (*Root*) et les fichiers qu'il crée sont ainsi la propriété du superutilisateur.
|
||||
Ceci génère des erreurs ensuite quand ces fichiers sont appelés, par exemple des fichiers de configuration de RStudio.
|
||||
Pour rendre à l'utilisateur normal (qui s'appelle *onyxia*) les droit sur son dossier personnel :
|
||||
```bash
|
||||
chown -R ${USERNAME}:${GROUPNAME} ${HOME}
|
||||
```
|
||||
:::
|
||||
!!! warning
|
||||
Le script est exécuté en tant que superutilisateur (*Root*) et les fichiers qu'il crée sont ainsi la propriété du superutilisateur.
|
||||
Ceci génère des erreurs ensuite quand ces fichiers sont appelés, par exemple des fichiers de configuration de RStudio.
|
||||
Pour rendre à l'utilisateur normal (qui s'appelle *onyxia*) les droit sur son dossier personnel :
|
||||
```bash
|
||||
chown -R ${USERNAME}:${GROUPNAME} ${HOME}
|
||||
```
|
||||
|
||||
|
||||
### PersonalInitArgs
|
||||
Des options à passer au script d'initialisation, séparées par des espaces et que l'on peut ensuite appeler avec `$1`, `$2`...
|
||||
|
|
Loading…
Reference in New Issue
Block a user