lbaudin-ensae/documentation-dsit
1
0
Fork 0
forked from DSIT/documentation-dsit
Code Pull Requests Activity

Actualiser docs/Services/pole-scientifique/Onyxia/docs/stockage.md

Browse Source
This commit is contained in:
Alexis GUYOT 2024-01-25 14:55:29 +01:00
parent bed3a4be4b
commit 7b2c71e1f5
1 changed files with 25 additions and 80 deletions
Show Stats Download Patch File Download Diff File Expand all files Collapse all files

61
docs/Services/pole-scientifique/Onyxia/docs/stockage.md
View File

@ -141,60 +141,9 @@ L'accès au stockage MinIO est possible via un token (jeton d'accès) personnel,
**Copier les fichiers dans le service local n'est généralement pas une bonne pratique** : cela limite la reproductibilité des analyses, et devient rapidement impossible avec des volumes importants de données. Il est donc préférable de prendre l'habitude d'importer les données comme des fichiers directement dans `R`/`Python`.
#### R
```r
BUCKET <- "donnees-insee"
FILE_KEY_S3 <- "diffusion/BPE/2019/BPE_ENS.csv"
df <-
aws.s3::s3read_using(
FUN = readr::read_delim,
# Mettre les options de FUN ici
delim = ";",
object = FILE_KEY_S3,
bucket = BUCKET,
opts = list("region" = "")
)
```
#### Python
Le package S3Fs permet d'interagir avec les fichiers stockés sur MinIO comme s'il s'agissait de fichiers locaux. La syntaxe est donc très familière pour les utilisateurs de Python. Par exemple, pour importer/exporter des données tabulaires via `pandas` :
```python
import pandas as pd
BUCKET = "donnees-insee"
FILE_KEY_S3 = "diffusion/BPE/2019/BPE_ENS.csv"
FILE_PATH_S3 = BUCKET + "/" + FILE_KEY_S3
with fs.open(FILE_PATH_S3, mode="rb") as file_in:
df_bpe = pd.read_csv(file_in, sep=";")
```
#### mc
Pour copier les données d'un bucket sur MinIO vers le service local :
```bash
mc cp s3/donnees-insee/diffusion/BPE/2019/BPE_ENS.csv ./BPE_ENS.csv
```
::: {.callout-warning}
**Copier les fichiers dans le service local n'est généralement pas une bonne pratique** : cela limite la reproductibilité des analyses, et devient rapidement impossible avec des volumes importants de données. Il est donc préférable de prendre l'habitude d'importer les données comme des fichiers directement dans `R`/`Python`.
:::
:::
### Exporter des données vers MinIO
::: {.panel-tabset}
#### R
=== "R"
```r
BUCKET_OUT = "<mon_bucket>"
@ -209,8 +158,7 @@ aws.s3::s3write_using(
)
```
#### Python
=== "Python"
```python
BUCKET_OUT = "<mon_bucket>"
FILE_KEY_OUT_S3 = "mon_dossier/BPE_ENS.csv"
@ -220,16 +168,13 @@ with fs.open(FILE_PATH_OUT_S3, 'w') as file_out:
df_bpe.to_csv(file_out)
```
#### mc
=== "mc"
Pour copier les données du service local vers un bucket sur MinIO:
```bash
mc cp chemin/local/vers/mon/fichier.csv s3/<mon_bucket>/chemin/distant/vers/mon/fichier.csv
```
:::
### Renouveler des jetons d'accès (*tokens*) périmés
L'accès au stockage MinIO est possible via un _token_ (jeton d'accès) personnel, valide 24h, et automatiquement régénéré à échéances régulières sur le SSP Cloud. Lorsqu'un token a expiré, les services créés avant la date d'expiration (avec le précédent token) ne peuvent plus accéder au stockage ; le service concerné apparaît alors marqué en rouge dans la page <a href="https://onyxia.lab.groupe-genes.fr/my-services" target="_blank">Mes Services</a>. Dans ce cas, deux possibilités :