Actualiser docs/Services/pole-scientifique/Onyxia/docs/version.md

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Alexis GUYOT 2024-01-30 16:59:05 +01:00
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@ -20,26 +20,24 @@ Dans le cadre de projets collaboratifs :
Ce tutoriel vise à présenter comment le contrôle de version peut être facilement implémenté grâce aux outils présents sur le Datalab. Il ne présente pas le fonctionnement de Git et présuppose donc une certaine familiarité avec l'outil. De nombreuses ressources en ligne peuvent servir d'introduction ; l'utilisateur de R pourra par exemple consulter <a href="https://linogaliana.gitlab.io/collaboratif/git.html" target="_blank">ce guide</a>. Une formation complète à Git sera bientôt proposée dans l'espace formation du Datalab qui sera bientôt ajouter sur notre Datalab Onyxia.
## Intégration de GitHub avec le Datalab
### Pourquoi GitHub ?
Bien qu'une utilisation hors-ligne de Git soit possible, tout l'intérêt du contrôle de version réside dans la synchronisation de la copie locale d'un projet (_clone_) avec un dépôt distant (_remote_). Différents services de forge logicielle permettent cette synchronisation des projets Git, dont les plus connus sont <a href="https://github.com" target="_blank">Github</a> et <a href="https://about.gitlab.com" target="_blank">GitLab</a>. Dans la mesure où le premier dispose aujourd'hui de beaucoup plus de visibilité — par exemple, les dépôts de l'Insee, <a href="https://github.com/InseeFr" target="_blank">InseeFr</a> et <a href="https://github.com/InseeFrLab" target="_blank">InseeFrLab</a>, sont sur GitHub — le Datalab propose une intégration facilitée avec GitHub, que nous présentons à travers ce tutoriel.
### Pourquoi Git ?
Bien qu'une utilisation hors-ligne de Git soit possible, tout l'intérêt du contrôle de version réside dans la synchronisation de la copie locale d'un projet (_clone_) avec un dépôt distant (_remote_). Différents services de forge logicielle permettent cette synchronisation des projets Git, dont les plus connus sont <a href="https://github.com" target="_blank">Github</a> et <a href="https://about.gitlab.com" target="_blank">GitLab</a>. Dans la mesure où le premier dispose aujourd'hui de beaucoup plus de visibilité — par exemple, les dépôts du Genes, sont hébergé en interne via Gitea <a href="https://code.groupe-genes.fr/" target="_blank">accessible ici</a>.
Vous disposer donc automatiquement d'un dépôt <a href="https://code.groupe-genes.fr/" target="_blank">GitGenes</a>, vous pouvez y accéder en utilisant votre compte ENSAE. Celui-ci est également automatiquement intégré sur votre compte du datalab Onyxia Genes comme <a href="https://documentation-dsit.lab.groupe-genes.fr/Services/pole-scientifique/Onyxia/docs/#services-externes" target="_blank">décrit ici</a>.
le Datalab Onyxia Genes propose une intégration facilitée avec GitHub, que nous présentons à travers ce tutoriel.
!!! tip
La suite du tutoriel nécessite de disposer d'un <a href="https://github.com/join" target="_blank">compte GitHub</a>.
La suite du tutoriel nécessite de disposer d'un <a href="https://github.com/join" target="_blank">compte GitHub</a> ou <a href="https://code.groupe-genes.fr/" target="_blank">GitGenes</a>.
!!! info
Si l'utilisation du Datalab avec la plateforme GitHub est facilitée, elle n'est en aucun cas obligatoire : il reste tout à fait possible d'utiliser la forge logicielle de son choix pour la synchronisation des projets.
Si l'utilisation du Datalab avec la plateforme GitHub & GitGenes est facilitée, elle n'est en aucun cas obligatoire : il reste tout à fait possible d'utiliser la forge logicielle de son choix pour la synchronisation des projets.
### Créer un jeton d'accès (_token_)
@ -60,7 +58,7 @@ Une fois le jeton généré, ce dernier apparaît à l'écran. Un jeton ne peut
Il est recommandé d'ajouter ses jetons d'accès à un gestionnaire de mots de passe. Le jeton peut également être ajouté à la configuration "Services externes" du compte utilisateur sur le Datalab, ce qui permet au jeton d'être directement accessible au sein des services proposés sur la plateforme.
<div style="text-align:center;">*Ajouter un jeton daccès GitHub à un compte utilisateur sur le Datalab*</div>
<div style="text-align:center;">Ajouter un jeton daccès GitHub à un compte utilisateur sur le Datalab</div>
![Screenshot](img/image4.png)
!!! warning
@ -68,10 +66,10 @@ Il est recommandé d'ajouter ses jetons d'accès à un gestionnaire de mots de p
## Utiliser Git avec les services du Datalab
Git est préconfiguré pour fonctionner nativement avec les différents services pertinents du Datalab. A l'ouverture d'un service, il est possible de configurer certains éléments. Si l'on a ajouté un jeton d'accès GitHub à son compte sur le Datalab, ce dernier est pré-configuré. Il est par ailleurs possible d'indiquer l'URL **complète** d'un _Repository_ Git (ex : [https://github.com/InseeFrLab/onyxia](https://github.com/InseeFrLab/onyxia)), qui sera alors cloné à l'initialisation dans l'espace de travail de l'instance.
Git est préconfiguré pour fonctionner nativement avec les différents services pertinents du Datalab. A l'ouverture d'un service, il est possible de configurer certains éléments. Si l'on a ajouté un jeton d'accès GitHub à son compte sur le Datalab, ce dernier est pré-configuré. Il est par ailleurs possible d'indiquer l'URL **complète** d'un _Repository_ Git (ex : [https://code.groupe-genes.fr/aguyot-ensae/test-gitop ](https://code.groupe-genes.fr/aguyot-ensae/test-gitop a)), qui sera alors cloné à l'initialisation dans l'espace de travail de l'instance.
<div style="text-align:center;">Configuration de Git à louverture dun service</div>
![!Screenshot](img/rstudio-git-config.png)
![!Screenshot](img/image22.png)
### Via le terminal