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79ad8ff317
commit
08e994343d
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@ -49,10 +49,10 @@ L'avantage du datalab réside dans la possibilité de partager chaque service av
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## Liens utiles
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## Liens utiles
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- <a href="https://documentation-dsit.lab.groupe-genes.fr/Services/pole-scientifique/Onyxia/docs/secrets/" target="_blank">Gestion des secrets</a>
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- <a href="https://documentation-dsit.lab.groupe-genes.fr/Services/Datalab/Onyxia/secrets/" target="_blank">Gestion des secrets</a>
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- <a href="https://documentation-dsit.lab.groupe-genes.fr/Services/pole-scientifique/Onyxia/docs/stockage/" target="_blank">Stockages de données</a>
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- <a href="https://documentation-dsit.lab.groupe-genes.fr/Services/Datalab/Onyxia/stockage/" target="_blank">Stockages de données</a>
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- <a href="https://documentation-dsit.lab.groupe-genes.fr/Services/pole-scientifique/Onyxia/docs/version/" target="_blank">Contrôle de version</a>
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- <a href="https://documentation-dsit.lab.groupe-genes.fr/Services/Datalab/Onyxia/version/" target="_blank">Contrôle de version</a>
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- <a href=" https://documentation-dsit.lab.groupe-genes.fr/Services/pole-scientifique/Onyxia/docs/terms/" target="_blank">Conditions général d'utilisations</a>
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- <a href="https://documentation-dsit.lab.groupe-genes.fr/Services/Datalab/Onyxia/terms/" target="_blank">Conditions général d'utilisations</a>
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@ -130,7 +130,7 @@ Il s’agit d’une présentation sommaire n'expliquant pas de façon détaillé
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Les conditions d'utilisation du Datalab sont consultables à <a href="https://documentation-dsit.lab.groupe-genes.fr/Services/pole-scientifique/Onyxia/docs/terms/" target="_blank">ici</a>. Nous rappelons que le Datalab est destiné exclusivement au traitement de **données publiques et non-sensibles**. Des projets d'expérimentation mobilisant des données non ouvertes peuvent être menés en concertation avec l'équipe du Datalab, sous réserve de se conformer aux règles de sécurité spécifiques au projet.
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Les conditions d'utilisation du Datalab sont consultables à <a href="https://documentation-dsit.lab.groupe-genes.fr/Services/Datalab/Onyxia/terms/" target="_blank">ici</a>. Nous rappelons que le Datalab est destiné exclusivement au traitement de **données publiques et non-sensibles**. Des projets d'expérimentation mobilisant des données non ouvertes peuvent être menés en concertation avec l'équipe du Datalab, sous réserve de se conformer aux règles de sécurité spécifiques au projet.
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# Le catalogue de services
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# Le catalogue de services
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@ -166,7 +166,7 @@ Supprimer une instance d'un service s'effectue simplement en cliquant sur l'icô
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!!! danger
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Pour certains services, la suppression d'une instance entraîne la suppression de toutes les données associées, et cette action est irrémédiable. Il est donc nécessaire de toujours bien lire le `README` associé à l'instance, qui précise les conséquences d'une suppression de l'instance. De manière générale, il est très important de s'assurer que les données ainsi que le code utilisés sont sauvegardés avant de supprimer l'instance. L'idéal est de <a href="https://documentation-dsit.lab.groupe-genes.fr/Services/pole-scientifique/Onyxia/docs/version/" target="_blank">versionner son code</a> avec Git et de procéder à des sauvegardes régulières des données à l'aide du <a href="https://documentation-dsit.lab.groupe-genes.fr/Services/pole-scientifique/Onyxia/docs/stockage/" target="_blank">système de stockage S3</a>.
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Pour certains services, la suppression d'une instance entraîne la suppression de toutes les données associées, et cette action est irrémédiable. Il est donc nécessaire de toujours bien lire le `README` associé à l'instance, qui précise les conséquences d'une suppression de l'instance. De manière générale, il est très important de s'assurer que les données ainsi que le code utilisés sont sauvegardés avant de supprimer l'instance. L'idéal est de <a href="https://documentation-dsit.lab.groupe-genes.fr/Services/Datalab/Onyxia/version/" target="_blank">versionner son code</a> avec Git et de procéder à des sauvegardes régulières des données à l'aide du <a href="https://documentation-dsit.lab.groupe-genes.fr/Services/Datalab/Onyxia/stockage/" target="_blank">système de stockage S3</a>.
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!!! info
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@ -229,7 +229,7 @@ Dans le sous onglet <a href="https://onyxia.lab.groupe-genes.fr/account/third-pa
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Nous vous conseillons donc de laisser ces paramètres par défaut, si vous devez utiliser un dépôt git différent (github, bitbucket...) sur un service spécifique, faite la modification lors de la configuration du service dans le <a href="https://onyxia.lab.groupe-genes.fr/catalog/ide" target="_blank">Catalogue de services</a>, expliquer plus <a href="#git" target="_blank"> en détails ici.</a>:
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Nous vous conseillons donc de laisser ces paramètres par défaut, si vous devez utiliser un dépôt git différent (github, bitbucket...) sur un service spécifique, faite la modification lors de la configuration du service dans le <a href="https://onyxia.lab.groupe-genes.fr/catalog/ide" target="_blank">Catalogue de services</a>, expliquer plus <a href="#git" target="_blank"> en détails ici.</a>:
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Vous retrouverez également un guide complet sur comment créer et retrouver les informations nécessaires pour la configuration de votre <a href="https://documentation-dsit.lab.groupe-genes.fr/Services/pole-scientifique/Onyxia/docs/version/#pourquoi-github" target="_blank">Git sur Github & GitGenes ici</a>.
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Vous retrouverez également un guide complet sur comment créer et retrouver les informations nécessaires pour la configuration de votre <a href="https://documentation-dsit.lab.groupe-genes.fr/Services/Datalab/Onyxia/version/#pourquoi-github" target="_blank">Git sur Github & GitGenes ici</a>.
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@ -277,7 +277,7 @@ Dans <a href="https://onyxia.lab.groupe-genes.fr/catalog/ide" target="_blank">Ca
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- Attribué un nom personnalisé au service, une fois le service lancé ou enregistré, celui-ci apparaitra dans l’onglet <a href="https://onyxia.lab.groupe-genes.fr/my-services" target="_blank">Mes services</a>.
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- Attribué un nom personnalisé au service, une fois le service lancé ou enregistré, celui-ci apparaitra dans l’onglet <a href="https://onyxia.lab.groupe-genes.fr/my-services" target="_blank">Mes services</a>.
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- Le choix de la version du service.
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- Le choix de la version du service.
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- Sauvegarder l’entièreté de la configuration du service, que vous pourrez redéployer à volonté dans l’onglet <a href="https://onyxia.lab.groupe-genes.fr/my-services" target="_blank">Mes services</a>.
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- Sauvegarder l’entièreté de la configuration du service, que vous pourrez redéployer à volonté dans l’onglet <a href="https://onyxia.lab.groupe-genes.fr/my-services" target="_blank">Mes services</a>.
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- Une extension est cliquable en bas à droite de la page, en parallèle de “Configuration %nom_du_service%”, cela déroulera un menu supplémentaire où vous pourrez configurer beaucoup plus de paramètre qui sont expliqué dans la section suivante <a href="https://code.groupe-genes.fr/DSIT/documentation-dsit/src/branch/main/docs/Services/pole-scientifique/Onyxia/docs/index.md#configuration-g%C3%A9n%C3%A9ral-du-catalogue-de-services" target="_blank">disponible ici</a>.
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- Une extension est cliquable en bas à droite de la page, en parallèle de “Configuration %nom_du_service%”, cela déroulera un menu supplémentaire où vous pourrez configurer beaucoup plus de paramètre qui sont expliqué dans la section suivante <a href="https://documentation-dsit.lab.groupe-genes.fr/Services/Datalab/Onyxia/docs/index.md#configuration-g%C3%A9n%C3%A9ral-du-catalogue-de-services" target="_blank">disponible ici</a>.
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- Copier l’URL de lancement automatique, cela vous permettra de configurer un service, puis d’obtenir une URL que vous pourrez partager avec des collaborateurs. En cliquant sur cette URL, cela déploiera le service que vous avez configurer dans leurs espace onyxia. Cette option est aussi accessible dans l’onglet <a href="https://onyxia.lab.groupe-genes.fr/my-services" target="_blank">Mes services</a>, sur vos services déjà enregistrés.
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- Copier l’URL de lancement automatique, cela vous permettra de configurer un service, puis d’obtenir une URL que vous pourrez partager avec des collaborateurs. En cliquant sur cette URL, cela déploiera le service que vous avez configurer dans leurs espace onyxia. Cette option est aussi accessible dans l’onglet <a href="https://onyxia.lab.groupe-genes.fr/my-services" target="_blank">Mes services</a>, sur vos services déjà enregistrés.
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Par ailleurs, l’option de la copie URL de lancement automatique ne s’affiche pas avant que vous ayez modifié un paramètre sur le service. L’option “Enregistrer la configuration” s’élargit également lors d’une quelconque modification, sinon c’est une petite icône de sauvegarde situé en haut à droite.
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Par ailleurs, l’option de la copie URL de lancement automatique ne s’affiche pas avant que vous ayez modifié un paramètre sur le service. L’option “Enregistrer la configuration” s’élargit également lors d’une quelconque modification, sinon c’est une petite icône de sauvegarde situé en haut à droite.
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@ -292,7 +292,7 @@ La configuration par défaut est celle de votre <a href="https://minio-console.l
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Modifier uniquement ces paramètres si vous possédez par exemple un stockage AWS S3 et que vous souhaitez le monter sur un service Onyxia ou que vous avez besoins d’accéder à un stockage S3 GENES autres que celui qui vous a été attribué par défaut.
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Modifier uniquement ces paramètres si vous possédez par exemple un stockage AWS S3 et que vous souhaitez le monter sur un service Onyxia ou que vous avez besoins d’accéder à un stockage S3 GENES autres que celui qui vous a été attribué par défaut.
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Pour apprendre à utiliser cet onglet, voir là <a href="https://documentation-dsit.lab.groupe-genes.fr/Services/pole-scientifique/Onyxia/docs/stockage/" target="_blank">page dédiée</a>.
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Pour apprendre à utiliser cet onglet, voir là <a href="https://documentation-dsit.lab.groupe-genes.fr/Services/Datalab/Onyxia/stockage/" target="_blank">page dédiée</a>.
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### Kubernetes
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### Kubernetes
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Cette option est relativement technique et spécifique, vous ne devriez pas en avoir l’intérêt, hors manipulation direct dans l’environnement Kubernetes. Cependant cette option vous permettra, depuis les différents services que vous avez déployés (pods aux seins de votre namespace Onyxia), de pouvoir effectuer des interactions Kubernetes avec le Master Node et exécuter des commandes kubectl dans un terminal de service (kubectl get pods, kubectl edit deployment etc...).
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Cette option est relativement technique et spécifique, vous ne devriez pas en avoir l’intérêt, hors manipulation direct dans l’environnement Kubernetes. Cependant cette option vous permettra, depuis les différents services que vous avez déployés (pods aux seins de votre namespace Onyxia), de pouvoir effectuer des interactions Kubernetes avec le Master Node et exécuter des commandes kubectl dans un terminal de service (kubectl get pods, kubectl edit deployment etc...).
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@ -381,7 +381,7 @@ Par défaut cette option est activée sur chaque service, ce qui va automatiquem
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Un guide complet sur comment créer et trouver les informations d'un dépôt GitHub/GitGenes pour les ajouters sur les services Onyxia est <a href="https://code.groupe-genes.fr/DSIT/documentation-dsit/src/branch/main/docs/Services/pole-scientifique/Onyxia/docs/version.md#pourquoi-git" target="_blank">disponible ici</a>.
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Un guide complet sur comment créer et trouver les informations d'un dépôt GitHub/GitGenes pour les ajouters sur les services Onyxia est <a href="https://documentation-dsit.lab.groupe-genes.fr/Services/Datalab/Onyxia/version/" target="_blank">disponible ici</a>.
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**Repository :**
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**Repository :**
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@ -403,7 +403,7 @@ L'adresse email qui apparaîtra dans les commits (pas forcément le mail associ
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**Token :**
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**Token :**
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Jeton d'accès défini sur la plateforme utilisée (Gitlab, Github...).
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Jeton d'accès défini sur la plateforme utilisée (Gitlab, Github...).
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Pour apprendre à utiliser plus en détails cette partie de Git, voir là <a href="https://documentation-dsit.lab.groupe-genes.fr/Services/pole-scientifique/Onyxia/docs/secrets/" target="_blank">page dédiée</a>.
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Pour apprendre à utiliser plus en détails cette partie de Git, voir là <a href="https://documentation-dsit.lab.groupe-genes.fr/Services/Datalab/Onyxia/secrets/" target="_blank">page dédiée</a>.
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Il n'est pas possible de cloner automatiquement un projet privé d'une instance privée (c'est-à-dire autre que gitlab.com et github.com). Pour le faire, il faudra recourir à un script shell comme indiqué <a href="#init" target="_blank">plus de détails ici</a>.
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Il n'est pas possible de cloner automatiquement un projet privé d'une instance privée (c'est-à-dire autre que gitlab.com et github.com). Pour le faire, il faudra recourir à un script shell comme indiqué <a href="#init" target="_blank">plus de détails ici</a>.
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@ -433,7 +433,7 @@ Les différentes options du discovery sont activées, elles permettent de détec
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Vous permet de modifier la taille du disque alloué à votre service.
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Vous permet de modifier la taille du disque alloué à votre service.
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### Vault
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### Vault
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Pour apprendre à utiliser cet onglet, voir la <a href="https://documentation-dsit.lab.groupe-genes.fr/Services/pole-scientifique/Onyxia/docs/secrets/" target="_blank">page dédiée</a> et <a href="#vault" target="_blank">Vault</a>.
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Pour apprendre à utiliser cet onglet, voir la <a href="https://documentation-dsit.lab.groupe-genes.fr/Services/Datalab/Onyxia/secrets/" target="_blank">page dédiée</a> et <a href="#vault" target="_blank">Vault</a>.
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# Mes services
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# Mes services
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@ -461,7 +461,7 @@ Grafana est un outil de surveillance et de visualisation des données qui offre
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# Mes secrets
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# Mes secrets
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Les variables d’environnement, il arrive que certaines informations doivent être mise à disposition d’un grand nombre d’applications, ou ne doivent pas figurer en clair dans votre code (jetons d’accès, mots de passe, etc.). L’utilisation de variables d’environnement permet de pouvoir accéder à ces informations depuis n’importe quel service.
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Les variables d’environnement, il arrive que certaines informations doivent être mise à disposition d’un grand nombre d’applications, ou ne doivent pas figurer en clair dans votre code (jetons d’accès, mots de passe, etc.). L’utilisation de variables d’environnement permet de pouvoir accéder à ces informations depuis n’importe quel service.
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Pour apprendre à utiliser cet onglet, voir la <a href="https://documentation-dsit.lab.groupe-genes.fr/Services/pole-scientifique/Onyxia/docs/secrets/" target="_blank">page dédiée</a>.
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Pour apprendre à utiliser cet onglet, voir la <a href="https://documentation-dsit.lab.groupe-genes.fr/Services/Datalab/Onyxia/secrets/" target="_blank">page dédiée</a>.
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# Mes fichiers
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# Mes fichiers
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La page <a href="https://onyxia.lab.groupe-genes.fr/my-files/aguyot-ensae" target="_blank">Mes fichiers</a> du Datalab prend la forme d'un explorateur de fichiers présentant les différents buckets (dépôts) auxquels l’utilisateur a accès.
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La page <a href="https://onyxia.lab.groupe-genes.fr/my-files/aguyot-ensae" target="_blank">Mes fichiers</a> du Datalab prend la forme d'un explorateur de fichiers présentant les différents buckets (dépôts) auxquels l’utilisateur a accès.
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@ -469,7 +469,7 @@ Chaque utilisateur dispose par défaut d'un bucket personnel pour stocker ses fi
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Il est possible de lire directement vos fichiers depuis cette interface en double cliquant simplement dessus (.mp4, .parquet, .csv etc...), si le format n'est pas lisible depuis l'interface du datalab, cela vous téléchargement automatiquement le fichier.
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Il est possible de lire directement vos fichiers depuis cette interface en double cliquant simplement dessus (.mp4, .parquet, .csv etc...), si le format n'est pas lisible depuis l'interface du datalab, cela vous téléchargement automatiquement le fichier.
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Pour apprendre à utiliser cet onglet, voir la <a href="https://documentation-dsit.lab.groupe-genes.fr/Services/pole-scientifique/Onyxia/docs/stockage/" target="_blank">page dédiée</a>.
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Pour apprendre à utiliser cet onglet, voir la <a href="https://documentation-dsit.lab.groupe-genes.fr/Services/Datalab/Onyxia/stockage/" target="_blank">page dédiée</a>.
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# Explorateur de Données
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# Explorateur de Données
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@ -4,7 +4,7 @@
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Il arrive que certaines informations doivent être mise à disposition d'un grand nombre d'applications, ou ne doivent pas figurer en clair dans votre code (jetons d'accès, mots de passe, etc.). L'utilisation de **variables d'environnement** permet de pouvoir accéder à ces informations depuis n'importe quel service.
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Il arrive que certaines informations doivent être mise à disposition d'un grand nombre d'applications, ou ne doivent pas figurer en clair dans votre code (jetons d'accès, mots de passe, etc.). L'utilisation de **variables d'environnement** permet de pouvoir accéder à ces informations depuis n'importe quel service.
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Au lancement d'un service, plusieurs variables d'environnement sont déjà injectées automatiquement — par exemple, les tokens d'accès à <a href="https://documentation-dsit.lab.groupe-genes.fr/Services/pole-scientifique/Onyxia/docs/version/" target="_blank">GitHub</a> et <a href="https://documentation-dsit.lab.groupe-genes.fr/Services/pole-scientifique/Onyxia/docs/stockage/" target="_blank">MinIO</a>.
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Au lancement d'un service, plusieurs variables d'environnement sont déjà injectées automatiquement — par exemple, les tokens d'accès à <a href="https://documentation-dsit.lab.groupe-genes.fr/Services/Datalab/Onyxia/version/" target="_blank">GitHub</a> et <a href="https://documentation-dsit.lab.groupe-genes.fr/Services/Datalab/Onyxia/stockage/" target="_blank">MinIO</a>.
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@ -34,11 +34,11 @@ Pour simplifier la mise à disposition en lecture de plusieurs fichiers — dans
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!!! warning
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Conformément aux <a href="https://documentation-dsit.lab.groupe-genes.fr/Services/pole-scientifique/Onyxia/docs/terms/" target="_blank">conditions d'utilisation</a>, seuls des données de type _open data_ ou ne présentant aucune sensibilité peuvent être stockées sur le Datalab. Le fait qu'un fichier ait un statut de diffusion "privé" ne suffit pas à garantir une parfaite confidentialité.
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Conformément aux <a href="https://documentation-dsit.lab.groupe-genes.fr/Services/Datalab/Onyxia/terms/" target="_blank">conditions d'utilisation</a>, seuls des données de type _open data_ ou ne présentant aucune sensibilité peuvent être stockées sur le Datalab. Le fait qu'un fichier ait un statut de diffusion "privé" ne suffit pas à garantir une parfaite confidentialité.
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## Utiliser des données stockées sur MinIO
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## Utiliser des données stockées sur MinIO
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Les identifiants d'accès nécessaires pour accéder à des données sur MinIO sont pré-configurés dans les différents services du Datalab, accessibles sous la forme de <a href="https://documentation-dsit.lab.groupe-genes.fr/Services/pole-scientifique/Onyxia/docs/secrets/" target="_blank">variables d'environnement</a>. Ainsi, l'import et l'export de fichiers à partir des services est grandement facilité.
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Les identifiants d'accès nécessaires pour accéder à des données sur MinIO sont pré-configurés dans les différents services du Datalab, accessibles sous la forme de <a href="https://documentation-dsit.lab.groupe-genes.fr/Services/Datalab/Onyxia/secrets/" target="_blank">variables d'environnement</a>. Ainsi, l'import et l'export de fichiers à partir des services est grandement facilité.
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